

В 1999г. в связи с 275-летием Российской академии наук, коллектив Института был награжден грамотой Министерства науки и технологий Российской Федерации «За большой вклад в развитие отечественной науки»; 15 сотрудников награждены Почетными грамотами Российской академии наук, и профсоюза работников Российской академии наук, 10-ти сотрудникам объявлена благодарность с вручением грамоты Президиума РАН.
Медалью ордена «За заслуги перед Отечеством II степени» награждены
чл.-корр. РАН В.А. Румянцев и д.б.н. В.Г. Драбкова.
Почетное звание "Лауреат Государственной премии СССР" присвоено чл.-корр.. РАН А.И. Сорокину и д.м.н. В.Д. Тонкопий.
Почетное звание «Заслуженный деятель науки Российской Федерации» присвоено д.г.н. А.П. Алхименко, д.б.н. В.Г. Драбковой, д.б.н. Л.А. Кудерскому, чл.-корр. РАН А.И. Сорокину.
Коллектив авторов (9 чел.) монографической серии книг «История озер СССР» в 1999г. награжден Дипломами Русского Географического Общества «За выдающиеся научные работы в области географии».
Д.б.н. Л.А. Кудерский удостоен Почетного звания и знака «Рыцарь науки и искусств» Российской академии естественных наук.

|